La Faculté de Médecine et de Pharmacie comprend deux (2) sections distinctes: la section de Médecine, et la section Pharmacie; l'école de Technologie médicale est affiliée à la FMP-UEH qui prend en charge le côté académique de l'institution, le côté administratif et financier étant géré par le Ministère de la Sante publique et de la population.

• La section Médecine comporte douze départements

1- Les Sciences pré médicales,
2- L’anatomie,
3- La physiologie,
4- La microbiologie,
5- La pharmacologie,
6- L’anatomo-pathologie,
7- La médecine,
8- La chirurgie,
9- La pédiatrie,
10- L’obstétrique-gynécologie,
11- La neuro-psychiatrie,
12- La médecine préventive et sociale.

• La section pharmacie est subdivisée en quatre départements:

1- La chimie,
2- La pharmacologie,
3- Les sciences biologiques
4- La pharmacie.